Toto oddělení organizačně spadá pod vedoucího varhanního oddělení, oddělení církevní hudby a řízení sboru.
ŘÍZENÍ SBORU - hlavní obor
Výuka odborného zaměření řízení sboru je realizována individuální formou, a to 2 – 3 hodiny týdně. Důraz je kladen především na přesvědčivost a přesnost dirigentského projevu. V průběhu studia se posluchači průběžně seznamují s repertoárem, který je zaměřen především na duchovní hudbu všech stylových období. Starší hudbě je v celkovém obsahu výuky proporcionálně věnována větší pozornost. To ovšem neznamená, že by hudba následujících stylů byla opomíjena.
Nedílnou složkou výuky hlavního oboru je spolupráce s vedoucím školního sboru, zprvu jen v podobě asistentské, později student stále více směřuje k samostatnosti až do role koncertního sbormistra - dirigenta.
Absolventi hlavního oboru řízení sboru mohou rozšiřovat své vzdělání na vysokých školách uměleckého nebo umělecko-pedagogického směru. Mimoto mohou působit jako ředitelé kůrů, působit na základních uměleckých školách a vést dětské nebo jiné amatérské či poloprofesionální pěvecké sbory.
TROJOBOR CÍRKEVNÍ HUDBA - hlavní obor
Studijní zaměření Trojobor církevní hudba vychází z původní koncepce Církevní střední varhanické školy a Církevní konzervatoře. Základem je souběžné studium hry na varhany, zpěvu a řízení sboru, každý z oborů je dotován 1 hodinou týdně po celé studium. Důležitou součástí tohoto studijního zaměření je výuka varhanní improvizace a gregoriánského chorálu, dále také pravidelné nácviky či účinkování při studentských mších svatých. Cílem studia je vychovat hudebníka schopného komplexně zajistit provoz chrámové hudby při katolickém kostele. Výběr repertoáru je volen individuálně dle požadavků osnov a schopností a zaměření studentů. Posluchači využívají bohaté nástrojové vybavení školy: 4 píšťalové varhany, přenosný pozitiv, harmonium i další cvičné nástroje a především velké koncertní varhany v sále Knihovny Petra Bezruče v Opavě.