Vyučují se obory všech základních dechových nástrojů, ve vyšších ročnících některé příbuzné nástroje.
Vyučované obory se dle charakteru nástroje dělí do dvou hlavních složek:
DŘEVĚNÉ DECHOVÉ
Hra na zobcovou flétnu
Hra na příčnou flétnu
Hra na barokní příčnou flétnu
Hra na hoboj
Hra na klarinet
Hra na saxofon
Hra na fagot
ŽESŤOVÉ
Hra na trumpetu
Hra na lesní roh
Hra na pozoun
Výuka probíhá individuálně 2 - 3 hodiny týdně. Studium je šestileté , po čtvrtém ročníku studenti skládají maturitní zkoušku a v šestém završují studium absolutoriem, a získávají titul DiS. Důležitou součástí výuky je studium orchestrálních partů, komorní hra a od 2. ročníku hra v orchestru.
Důležitou součásti studia, vedle hlavních oborů, je aktivní účast hry v různých komorních uskupeních. Studenti dechového oddělení mají také řadu příležitostí k sólovým výstupům.
Jako absolventi pak buď obstojí při konkurzech do orchestrů nejrůznějšího zaměření, nebo se dokáží kvalifikovat jako učitelé ZUŠ a prohlubovat tak tradici hry na dechové nástroje. Ve většině případů však naši absolventi pokračují studiem na uměleckých vysokých školách.
Nástrojové vybavení
Církevní konzervatoř disponuje několika kopiemi historických nástrojů. Nejnověji pořízenými nástroji jsou renesanční a barokní příčná flétna, které byly pro potřeby Církevní konzervatoře vyrobeny v roce 2022. Renesanční tenorová příčná flétna je kopií nástroje rodiny Bassanů (aktivní 1530-1650) a je laděna v 440 Hz. Barokní příčná flétna je kopií nástroje G. A. Rottenburgha (1709-1790) a její ladění je možné alterovat díky výměnným středním dílům (440 a 415 Hz). Církevní konzervatoř také pro potřeby studentů zobcové flétny zakoupila část renesančního consortu firmy Moeck (sopraninová, sopránová, altová a tenorová renesanční zobcová flétna) a sopraninovou, tenorovou a basovou barokní flétnu v ladění 440 Hz. V roce 2010 byly zakoupeny dvě barokní flétny - zobcová a příčná. Nástroje vyrobila německá firma Kobliczek Musikinstrumentenbau z Taunussteinu. Zobcová flétna je vyrobena podle barokní předlohy z roku 1717, jejímž autorem je Giovanni Maria Anciuti. Flétna je ze zimostrázu a je vybavena dvěma výměnnými částmi pro hru v 440 nebo 415 Hz. Předlohou pro příčnou flétnu je nástroj, který postavil Carlo Palanca (cca. 1690-1783).